د. مصطفى أردوغان يمارس العمل السريري منذ 2021. يركز على جراحة زراعة الأسنان وتصميم الابتسامة. يضع خططًا علاجية لتحسين وظيفة المضغ والمظهر الجمالي.
تشمل ممارسته زراعة الأسنان والجراحات الفموية الصغرى. يقدّم تعويضات سنية مدعومة بالزرعات، ثابتة ومتحركة. كما يوفّر علاج جذور الأسنان وأمراض اللثة. يستخدم التخطيط الرقمي ويركّز على طب الأسنان الوقائي.
شارك في تأسيس عيادة خاصة تقدّم الزرعات والتيجان الزركونية والترميمات التجميلية. كما يعمل مستشارًا في زراعة الأسنان المتقدمة لعدة عيادات.
يحمل درجة في طب الأسنان من كلية طب الأسنان بجامعة هاتاي مصطفى كمال. حضر مؤتمرات كبرى، منها أنطاليا 2023، FDI إسطنبول 2024، وموسكو 2025. أكمل دورة تطبيقات البوتوكس في Dentakademi.
هو عضو في جمعية أطباء الأسنان التركية (TDB) وغرفة أطباء الأسنان في إسطنبول (İDO).